La historia de Metroid: Other M había sido controversial, por decirlo de alguna manera. Samus hablaba como nunca antes y lo hacia con un tono melodramático.

Si estan buscando al culpable por la historia del juego, parece ser que fue Yoshio Sakamoto. El jefe de Team Ninja Yosuke Hayashi, recientemente ha dicho en una entrevista que «definitivamente fue producto del Sr. Sakamoto».

«La historia de Other M fue definitivamente producto del Sr. Sakamoto de Nintendo. Definitivamente hemos trabajado con el en el proyecto, pero fue todo de el. Para NG3, hemos trabajado con Masato Kato para crear nuestra propia historia. Será diferente en muchos sentidos. Son cosas que definitivamente hemos aprendido de Other M trabajando con el Sr. Sakamoto y con Nintendo y que aplicamos en el desarrollo de NG. La historia actual que experimentarán aquí, sin embargo, se siente diferente. Una sensación de «Team Ninja», se podría decir.»